بعد وفاة الرئيس هواري بومدين في 1978، و بحكم العلاقة الوطيدة التي كانت تربطه به ، ألقى كلمة وداع بقيت راسخة في الاذهان. لكنه أصبح في ذات السنة الهدف الرئيسي لسياسة "محو آثار الرئيس هواري بومدين" حيث أرغم على الابتعاد عن الجزائر لمدة ست سنوات.
عاد بوتفليقة إلى الجزائر سنة 1987 حيث كان من موقعي "وثيقة أل18" التي تلت وقائع 05 أكتوبر 1988. كما شارك في مؤتمر حزب جبهة التحرير الوطني في 1989 حيث انتخب عضوا للجنة المركزية.
بعد ذلك اقترح عليه منصب وزير-مستشار لدى المجلس الأعلى للدولة و هو هيئة رئاسية انتقالية تم وضعها من 1992 إلى 1994 ثم منصب ممثل دائم للجزائر بالأمم المتحدة لكنه قابل الاقتراحين بالرفض. كما رفض سنة 1994 منصب رئيس الدولة في إطار آليات المرحلة الانتقالية.
في ديسمبر 1998 أعلن عن نيةالدخولفيالمنافسة الانتخابية الرئاسية بصفته مرشحا حرا. و انتخب في 15 أبريل 1999 رئيسا للجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية.
جدد الرئيس عبد العزيز بوتفليقة، حال توليه مهامه، تأكيد عزمه على إخماد نار الفتنة و إعادة الآمن و السلم و الاستقرار. و باشر في سبيل ذلك مسارا تشريعيا للوئام المدني حرص على تكريسه و تزكيته عن طريق استفتاء شعبي نال فيه مشروع الوئام أزيد من 98 % من الأصوات.
و لما اخذ الأمن يستتب تدريجيا، تأتى للرئيس بوتفليقة الشروع، على المستوى الداخلي، في برنامج واسع لتعزيز دعائم الدولة الجزائرية من خلال إصلاح كل من هياكل الدولة و مهامها، و المنظومة القضائية و المنظومة التربوية، واتخاذ جملة من الإجراءات الاقتصادية الجريئة شملت، على وجه الخصوص، إصلاح المنظومة المصرفية قصد تحسين أداء الاقتصاد الجزائري ؛ مما مكن الجزائر من دخول اقتصاد السوق و استعادة النمو و رفع نسبة النمو الاقتصادي . كما قرر رئيس الجمهورية خلال عهدته الاولى ترسيم الاعتراف بتمازيغت كلغة وطنية.
على الصعيد الدولي، استعادت الجزائر تحت إشراف الرئيس بوتفليقة و بدفع منه دورها القيادي، حيث يشهد على ذلك دورها الفعال الذي ما انفك يتعاظم على الساحة القارية في إطار الإتحاد الإفريقي و الشراكة الجديدة من أجل تنمية إفريقيا (نيباد) التي كان الرئيس الجزائري أحد المبادرين بها.
و على المستوى المتوسطي، أبرمت الجزائر اتفاق شراكة مع الإتحاد الاوروبي في 22 افريل 2001 .
كما تشارك الجزائر التي أصبحت شريكا مرموقا لدى مجموعة الثمانية، في قمم هذه المجموعة بانتضام منذ سنة 2000.
و موازاة لذلك، لا يدخر الرئيس بوتفليقة جهدا من أجل مواصلة بناء اتحاد المغرب العربي.
وفي 22 فبراير 2004، أعلن عبد العزيز بوتفليقة عن ترشحه لعهدة ثانية. فقاد حملتهالانتخابية مشجعا بالنتائج الايجابية التي حققتها عهدته الأولى و مدافعا عن الأفكارو الآراء الكامنة في مشروع المجتمع الذي يؤمن به و لاسيما المصالحة الوطنية، ومراجعة قانون الأسرة ، و محاربة الفساد، و مواصلة الإصلاحات. أعيد انتخاب الرئيسبوتفليقة يوم 8 ابريل 2004 بما يقارب 85 % من الأصوات.
ما قيل عنه
ويكيليكس يكشف خدمة نظام بوتفليقة لمخططات إسرائيل
زابريس : 22 - 12 - 2010 كشف موقع ويكيليكس عن وثائق سرية تؤكد تعاون الجزائر مع الكيان الصهيوني في حربه ضد دول المنطقة العربية والشرق الأوسط ، وأكدت وثائق نشرها الموقع المذكور عرض النظام الجزائري خدمته على إسرائيل لضمان ما أسماه أمنها واستقرارها ومواجهة أي تهديد ضدها من طرف الدول العربية ، وتشجيع امتلاك تل أبيب للأسلحة النووية والمساعدة على عرقلة رغبة دول المنطقة العربية والشرق الأوسط في تطوير قدراتها العسكرية ، ولقد أكدت هذه التسريبات التي نشرها ويكيليكس بطلان ادعاءات الجزائر بمقاطعة كل ما هو إسرائيلي. وأكد خدمة نظام بوتفليقة لمخططات إسرائيل . فلقد كشفت وثيقة سرية تضمنت برقية أرسلتها ممثلية الولايات المتحدة الأمريكية بالأمم المتحدة إلى وزارة الخارجية الأمريكية ووكالة الإستخبارات المركزية، عن قيام إدريس الجزائري، سفير الجزائر وممثلها الدائم لدى مكتب الأمم المتحدة والمنظمات الدولية بسويسرا، بعرض خدماته على الإسرائيليين، حيث خاطب عددا من الدبلوماسيين الغربيين، منهم أمريكيون، معبرا لهم عن ''سعادته لوضع نفسه لخدمة إسرائيل''، وجاء في البرقية التي نشرها موقع ''ويكيليكس''والمؤرخة في 13 ماي من العام الماضي، أن إدريس الجزائري حضر اجتماعا في جنيف السويسرية، إلى جانب نائب وزيرة الخارجية الأمريكية المكلف بالتحقق من الإمتثال والتنفيذ، روز غوتمولر، إلى جانب سفراء مصر، اليابان، أستراليا، كندا وبريطانيا، ومجموعة من المسؤولين الدبلوماسيين الآخرين.وقالت الوثيقة إن الإجتماع تمحور بشكل أساسي حول موضوعي نزع السلاح في منطقة الشرق الأوسط ، حيث جاء في برقية ''ويكيليكس'' أن إدريس الجزائري قال أنه سيكون ''مسرورا لوضع نفسه تحت خدمة إسرائيل'' بهدف ضمان أمنها ، وحرمان كافة دول المنطقة العربية والشرق الأوسط من التكنولوجياالعسكرية . يذكر أن البرقيات السرية التي سربها موقع ويكيليكس كانت قد كشفت كذلك عن تفشي الفساد داخل النظام الجزائري وإمتداده إلى أشقاء الرئيس الجزائري عبد العزيز بوتفليقة المتورطين في فضيحة بنك الخليفة ، كما وصل هذا الفساد ليشمل كذلك جنرالات الجيش بعلم من رئيس المخابرات الجزائرية الجنرال "توفيق ميدينى" حيث يحصل القادة العسكريين على نصيب أكبر من "الكعكة " وفق تعبير الوثائق الدبلوماسية المرسلة من سفارة الولايات المتحدة الأمريكية في الجزائر إلى الولايات المتحدة الأمريكية.
وفي هذا الإطار كشفت الوثائق الدبلوماسية التي سربها ويكيليكس عن محادثات جمعت بين السفير الأمريكي بالجزائر وصحفيين تؤكد فشل نظام الحكم في الجزائر وتفشي الفساد في البلد ليشمل أشقاء الرئيس الجزائري ، كما كشفت الوثائق ذاتها انقسام قيادة الجيش بشكل يهدد استقرارالجزائر . كما عبر السفير الأمريكي عن توصله إلى معلومات تفيد بأن علاقة الرئيس بوتفليقة بالمخابرات العسكرية شديدة التعقيد.
ومن جهته قال "بيرنارد باخوليه"، السفير الفرنسي في الجزائر، وفق نفس الوثائق الدبلوماسية لنظيره الأمريكي روبرت فورد، إن الفساد بلغ مستوى متقدم في الجزائر ، حيث وصل إلى داخل الجيش وإلى قمة الهرم من خلال أشقاء بوتفليقة ، وأضاف أن الجزائر تتجه تدريجيا إلى المزيد من عدم الاستقرار.